Sa pagpapatuloy ng kuwento ni Ibarra, na ngayon ay nagbabalatkayong si Simoun, sa unang kabanata ay ipinakita ang paglalakbay ng isang bapor sa pagitan ng Laguna at Maynila. Lulan nito si Simoun na nagpakilalang mag-aalahas, si Isagani, at si Basilio.
Labing tatlong taon nang mamatay sina Sisa at Elias ay naging isang estudyante si Basilio. Nang minsang dalawin ang puntod ng inang si Sisa ay nakita niya si Simoun sa libingan ng mga Ibarra. Dito niya nabistong si Simoun ay si Ibarra.
Nagtaka si Simoun na paslangin si Basilio ngunit nabigo ito. Inaya na lamang niya si Basilio na sumama sa kaniyang paghihiganti sa mga Espanyol ngunit sabi ng binata ay abala siya sa kaniyang pag-aaral.
Inayang muli ni Simoun si Basilio na maghiganti at lumusob sa kumbento kung saan naroon si Maria Clara. Umayaw muli si Basilio at hindi naisakatuparan ang misyon dahil yumao na rin si Maria noong hapon ng sana ay paglusob.
Hiniling ng mga mag-aaral sa Kapitan Heneral, na abala sa pagsasabong, na makapagpatayo ng akademya sa wikang Kastila ngunit hindi ito napagbigyan dahil mga prayle ang mamumuno. Upang malimot ang pagkabigong natamo, nagdaos ng salusalo ang mga mag-aaral sa Panciteria Macanista de Buen Guan. Mainit ang talakayan sa hapag at panay pagtuligsa sa mga prayle.
Nalaman ng mga prayle ang sinabi ng mga mag-aaral kaya naman gumawa ng patibong ang mga pari. Naglagay sila ng mga paskil na may temang paghihimagsik at ibinintang sa mga mag-aaral. Hinuli ang ilan sa kanila at napasama si Basilio. Nagdamdam ang kasintahan ni Basilio na si Juli.
Inasikaso ng mga kamag-anak ang ibang mag-aaral upang makalaya habang naiwan sa piitan si Basilio. Gumawa ng paraan si Juli at nakiusap kay Padre Camorra ngunit wala itong nagawa. Nagpatihulog si Juli sa durungawan ng kombento. Ito ang dahilan ng pagkasawi ng dalaga habang naiwan sa kulungan si Basilio.
Nakipagsosyo naman si Simoun ng kaniyang negosyo kay Timoteo Pelaez na ama ni Juanito. Naipagkasundo naman ng kasal si Juanito ang dalagang si Paulita Gomez. Sa nakatakda nilang kasal ay magiging ninong ang Kapitan Heneral. Nakapag-anyaya din ang negosyante ng mga matataas na tao sa pamahalaan at iba pang mayayaman upang dumalo sa gagawing piging.
Matapos naman ang dalawang buwang pagtitiis sa bilangguan kahit wala namang pagkakasala ay nakalabas na rin si Basilio sa tulong na rin ni Simoun. Batid niyang kapag natulungan niya itong makalaya ay aanib ito sa kaniyang mga plano. Hindi naman siya nabigo. Nang makalaya sa piitan at agad na nagtungo si Basilio kay Simoun upang makianib sa gagawing paghihimagsik nito.
Agad na ipinaalam ni Simoun kay Basilio ang kaniyang mga plano. Kabilang dito ang ginawa niyang pampasabog o bomba na nakabalatkayo bilang isang lampara. Kasing-laki ito ng ulo ng tao. Ihahandog raw ni Simoun ang lamparang pampasabog sa gagawing kasal nina Juanito at Paulita Gomez.
Ayon kay Simoun, ipalalagay niya ang lampara sa gitna ng isang kiyosko na ipasasadya niya raw ang pagkakagawa. Planado ni Simoun ang pagkakalikha sa ilawan. Ayon sa kaniya, tatagal ang liwanag nito ng dalawampung minuto at pagkaraan ay lalabo.
Kapag daw tinangkang muling pailawin ang lampara ay puputok ang kapsula sa loob na fulminato de marcurio. Kasabay nito na sasabog ang granada at mawawasak ang kiyoskong kinalalagyan nito. Kapag daw sumabog ang lampara ay walang sinuman sa loob ng pagdarausan ng pagtitipon ang makaliligtas. Magiging hudyat din umano ang pagsabog ng lampara ng pag-uumpisa ng paghihimagsik ng mga inaapi sa pangunguna ni Simoun.
Sa mismong araw ng kasal, bandang ikapito ng gabi ay naroroon si Basilio sa labas ng bahay na pagdarausan ng salusalo. Hindi siya mapakali at balisa. Habang si Simoun naman ay agad na bumaba mula sa bahay at lumisan dahil naroon na ang lampara na ilang sandal na lamang ay sasabog na.
Dumating si Isagani, ang dating kasintahan ni Paulita. Sinabihan ito ni Basilio na lumisan ngunit hindi ito nakinig. Ibinunyag tuloy ni Basilio ang plano kay Isagani ngunit hindi naman nakinig ang binata sa isiniwalat ni Basilio.
Maya-maya pa ay humihina na ang liwanag ng lamparang handog ni Simoun. Hindi mapakali ang Kapitan Heneral kaya ipinakiusap niya kay Padre Irene na ipakitaas ang mitsa. Pumasok sa isip ni Isagani ang sinabi ni Basilio kaya naman agad niyang kinuha ang lampara. Nagtungo siya sa asotea at inihagis sa ilog upang doon sumabog. Nabigo ang plano ni Simoun at hindi natuloy ang nakaplanong paghihimagsik matapos ang sanay pagkitil sa mga tao sa pagtitipon ng pagsabog.
Dali-daling tumakas si Simoun dahil sa planong hindi na matutuloy. Tumakas siya sa bahay ni Padre Florentino. Nagtungo siya sa daraungan at binaybay ang karagatang Pasipiko. Agad na nakalayo si Simoun ngunit sugatan naman siya at parang nanghihina na. Sugatang dumating si Simoun sa lugar nina Padre Florentino.
Ipinaliwanag niyang ang mga sugat niya ay bunga lamang daw ng hindi niya pag-iingat. Sinabi rin ni Simoun na nais niya lang daw ay magpaalaga kay Dr. De Espadaña at ayaw magpadala sa mga pagamutan dahil sa pangambang mahuli siya ng mga tumutugis sa kaniya.
Napag-isip ang pari sa totoong motibo ni Simoun. Nang pumasok ang pari sa silid ni Simoun upang kausapin, napag-alaman niyang uminom na pala ng lason si Simoun. Tinangka pa ng pari na hanapan ng lunas ang lason ngunit tumanggi na si Simoun.
Dahil alam na ni Padre Florentino na hindi na magtatagal si Simoun, dinasalan na niya ito at hinayaang mangumpisal ang naghihingalong si Simoun.
Dito ay ipinagtapat ni Simoun ang tunay niyang pagkatao. Isinalaysay ni Simoun ang kaniyang naging buhay, kung paanong ang dating makapangyarihang si Ibarra ay nawalan ng kayamanan, kredibilidad, at mga koneksiyon.
Maya-maya pa ay nalagutan na ng hininga si Simoun. Ipinagdasal ito ng pari para sa kapayapaan ng kaniyang kaluluwa. Hinagis naman ni Padre Florentino ang mga alahas ni Simoun sa dagat.
Aral – El Filibusterismo
Isang pagtanaw sa realidad ng buhay ang kuwento ni Simoun. Marami sa atin ang mayroong adhikaing gumanti sa mga taong nagpakita sa atin nang hindi magandang pagtrato. Nabubulagan tayo ng galit at mas ninanais na gumawa ng hindi maganda sa kapuwa upang maisakatuparan ang paghihiganti. Gayunman, bandang huli ay walang magandang maidudulot ang pagtatanim ng galit at pagbabalik nito sa kapuwa dahil ang mali ay hindi kailanman maitutuwid ng isa pang pagkakamali.
