Winakasan ni Simoun ang kanyang buhay hindi dahil sa bigo siya sa kanyang layunin. Buong puso niya itong ginawa upang sa ganitong paraan ay tuluyan na siyang makalaya.
Pauwi na si Basilio galing sa sementeryo nang makita niya ang isang lalaki na naghuhukay malapit sa libingan ng kanyang ina. Ito ay ang mag-aalahas na si Simoun.
Nagulat ang binata at muling nagbalik ang kanyang alaala labing-tatlong taon na ang nakakaraan. Dito nagkaroon ng linaw ang lahat, si Simoun at Crisostomo Ibarra ay iisa. Si Basilio ang unang nakatuklas sa lihim ni Simoun at ito ay hindi naman pinasungalingan noong sa huli.
Inalok ni Simoun si Basilio upang makiisa sa kanyang layunin, ngunit ito ay tinanggihan ng binata. Ayon kay Basilio, mas gugustuhin niya na lamang pagsilbihan ang kanyang bayan bilang isang doktor sa halip na maging isang rebolusyunaryo.
Si Basilio, kasama ng iba pa niyang mga kamag-aral at kaibigan, ay masugid na nag-aaral ng wikang Espanyol. Malaki ang kanilang paniniwala na pagkadalubhasa sa wikang ito ang magbibigay sa kanila ng kalayaan at katungkulan sa pamahalaan na binuo ng mga Kastila.
Ngunit naging taliwas ito sa nangyari. Silang lahat na kasapi ng akademiya ng pag-aaral ng wikang Kastila ay hinuli at ipinasok sa bilangguan. Hindi kalaunan, pinalaya na ang lahat ng maliban kay Basilio na ulila nang lubos.
Gumawa ng paraan ang kanyang kasintahan na si Huli upang siya ay makalaya. Pinuntahan niya si Pari Camorra upang humingi ng saklolo. Subalit, sa kasamaang palad, siya ay namatay. Tumalaon siya mula sa bintana para matakasan ang masamang hangarin ng pari.
Nakarating kay Simoun ang kalagayan ng binata kaya agad niya itong tinulungang makalaya. Paglabas ni Basilio sa karsel ay agad niyang pinuntahan si Simoun at buong pagpapakumbaba niyang sinabi ang kanyang pakikiisa sa kanyang layunin.
Nabalitaan ni Simoun ang nalalapit na pag-iisang dibdib nina Paulita Gomez at Juanito Pelaez. Dahil dito, pinautang niya ng pera ang ama ni Juanito upang billhin ang bahay ng namayapang si Kapitan Tiyago.
Bilang kapalit ng kanyang pagpapautang ng salapi ay siya ang mag-aayos ng pagdadausan ng piging. Si Simoun ang namahala sa pagtatayo ng kiyosko sa balkonahe ng bahay. Inayos din niya ang kisame at lahat ng sulok ng nasabing mansyon.
Maliban sa mga malalapit na kaibigan at pamilya ng ikakasalay darating din ang mga matataas na tao sa pamahalaan. Ito ang dahilan kaya labis itong pinaghahandaan ni Simoun. Nagkahanda rin siya ng espesyal na lampara para kina Paulita at Juanito.
Lingid sa kaalaman ng lahat maliban kay Basilio, ang piging na ito ang magiging hudyat ng isang himagsikan. Nais niyang ikalat ang kaguluhan sa maraming lugar sa bansa.
Ang buong sulok ng bahay hanggang sa kisame ay nilagyan ng mga pulburang pampasabog. Samantala, ang espesyal na lampara na alay niya sa ikakasal ay mayroong dinamita sa gitna. Ang paglamlam sa ilaw ng lampara ang magsisilbing mitsa para pasabugin ang buong kabahayan.
Hindi itinago ni Basilio kay Isagani (dating kasintahan ni Paulita) ang pagsabog na magaganap. Dahil dito ay mabilis na kinuha ni Isagani ang lampara at ihinagis sa ilog ng Pasig.
Nabigo ang balak ni Simoun. Tumakas siya at nagtago sa bahay ni Pari Florentino. Inusig siya ng mga maykapangyarihan, ngunit bago pa sila makarating ay uminom na ng lason si Simoun.
Ginamit niya ang kanyang hulinh sandali upang ipagtapat ang lahat ng katotohanan sa pari.Inamin niya ang kanyang buong pagkatao at ang kanyang layunin na pabagsakin ang pamahalaan sa pamamagitan ng himagsikan.
Bago dumating ang mga kinauukulan ay mabilis na inipon ni Padre Florentino ang mga pera, alahas at lahat ng kayamanan ni Simoun. Inilagay niya ito sa isang baul at itinapon sa dagat Pasipiko upang kailanman ay hindi na ito magagamit at magdulot ng kasamaan.
